Institutul de Arheologie din Iași își are originile în dezvoltarea timpurie a cercetării arheologice în cadrul mediului academic al Universității „Alexandru Ioan Cuza”. Povestea sa începe în primele decenii ale secolului al XX-lea, când bazele arheologiei instituționalizate la Iași au fost puse prin activitatea didactică, cercetările de teren și constituirea colecțiilor. Un moment esențial a avut loc în 1916, când profesorul Orest Tafrali a fondat Muzeul de Antichități, conceput ca un spațiu de lucru dedicat atât cercetării, cât și învățământului. Strâns legat de Catedra de Arheologie a Universității, muzeul a jucat un rol central în dezvoltarea investigațiilor de teren și în constituirea uneia dintre primele colecții arheologice din regiune. Pe măsură ce activitatea de cercetare s-a extins, a devenit evidentă și necesitatea unui cadru instituțional dedicat. Această viziune a prins contur treptat în deceniile următoare. În 1941 a fost înființat Institutul de Istoria Românilor „A.D. Xenopol”, ulterior consolidat ca instituție de cercetare distinctă. În cadrul acestuia, Secția de Istorie Veche și Arheologie, creată în 1953, a devenit un factor esențial în dezvoltarea cercetărilor arheologice din regiune, facilitând colaborarea între specialiști din mediul universitar și cel muzeal. În a doua jumătate a secolului al XX-lea, Iașul s-a afirmat ca un important centru de cercetare arheologică. Lansarea revistei Arheologia Moldovei în 1961 a oferit un cadru esențial pentru diseminarea rezultatelor cercetării, atât la nivel local, cât și național, contribuind la creșterea vizibilității activității Institutului. În 1990, după decenii de evoluție, Secția de Arheologie a devenit instituție de sine stătătoare: Institutul de Arheologie al Academiei Române, Filiala Iași.

În prezent, Institutul desfășoară o gamă largă de proiecte de cercetare, de la preistorie până la epoci istorice, combinând investigațiile de teren cu metode interdisciplinare și colaborări internaționale. Misiunea sa este de a contribui la aprofundarea cunoașterii trecutului uman, la protejarea și valorificarea patrimoniului arheologic, precum și la formarea noilor generații de cercetători prin implicare academică și științifică.