Institutul de Arheologie din Iași își are originile în dezvoltarea timpurie a cercetării arheologice în mediul academic al Universității „Alexandru Ioan Cuza”. Istoria sa începe la începutul secolului al XX-lea, când bazele arheologiei instituționalizate la Iași au fost puse prin activități de predare, cercetări de teren și constituirea de colecții.
Un moment esențial a avut loc în anul 1916, când profesorul Orest Tafrali a fondat Muzeul de Antichități, conceput ca un spațiu destinat atât cercetării, cât și activității didactice. Strâns legat de Catedra de Arheologie a Universității, muzeul a jucat un rol central în dezvoltarea investigațiilor de teren și în constituirea uneia dintre cele mai timpurii colecții arheologice din regiune.
Pe măsură ce activitatea de cercetare s-a extins, a devenit tot mai evidentă necesitatea unui cadru instituțional dedicat. Această viziune s-a conturat treptat în deceniile următoare. În anul 1941 a fost înființat Institutul de Istorie Românească „A.D. Xenopol”, ulterior consolidat ca instituție de cercetare distinctă. În cadrul acestuia, Secția de Istorie Veche și Arheologie, creată în 1953, a devenit un nucleu important al cercetării arheologice regionale, favorizând colaborarea dintre specialiștii din mediul universitar și cei din muzee.
În a doua jumătate a secolului al XX-lea, Iașul s-a afirmat ca un important centru de cercetare arheologică. Lansarea revistei Arheologia Moldovei în 1961 a oferit o platformă esențială pentru diseminarea rezultatelor cercetării, contribuind la creșterea vizibilității activității științifice desfășurate aici.
În anul 1990, după decenii de dezvoltare instituțională, Secția de Arheologie a devenit o instituție independentă: Institutul de Arheologie al Academiei Române, Filiala Iași.

În prezent, Institutul desfășoară o gamă largă de proiecte de cercetare, acoperind perioade cuprinse între preistorie și epocile istorice, îmbinând cercetările de teren cu abordări interdisciplinare și colaborări internaționale.
Misiunea sa este de a contribui la aprofundarea cunoașterii trecutului uman, la protejarea și valorificarea patrimoniului arheologic, precum și la formarea noilor generații de cercetători prin activități academice și științifice.